El observar con APEX nos permite estudiar tanto el gas como el polvo frío de nuestra Vía Láctea así como también el de galaxias más distantes. El rastreo de la emisión térmica en el contínuo y el análisis de líneas espectrales de alta frecuencia mejorará nuestro entendimiento estructural y químico de las atmósferas planetarias, estrellas en sus últimas fases de evolución, regiones de formación de estrellas como también de galaxias con formación estelar intensa. Con APEX podemos aclarar interrogantes desde aquellos relacionados con la estructura a gran escala del universo hasta la física y química de los cometas.
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